Avant tout, si suivi il doit y avoir, il faut que les employés en soit informés par écrit. Sinon, tout ce qui est récolté par ce biais est inutilisable par l'employeur, voire peut être source d'emmerdement pour celui-ci.
Ensuite, le plus efficace, c'est que le suivi se fasse au niveau de la connexion et non au niveau de l'ordinateur. C'est à dire passer par ce qu'on appelle un proxy (ou serveur mandataire). Un logiciel sur chaque poste se contournant assez simplement si tout le monde a les droits adiminstrateurs, ce qui est généralement le cas dans les petites structures.
Sinon, en assez efficace, tu as ça :
http://www.theuds.com/autoscreenshot.php
Je vais voir si il y a d'autres trucs mais si c'est juste pour l'historique sous windows, scripter une sauvegarde non effaçable est pas très compliqué.